Vámi popsanou situaci lze řešit např. tak, že se škola dohodne se zákonnými zástupci nově přijatého žáka na způsobu doplnění nezbytného vzdělávacího obsahu formou individuálního doučování a dočasné úpravy vzdělávacích cílů tak, aby bylo zajištěno dosažení požadované úrovně vzdělání po ukončení 9. ročníku ZŠ (tedy naplnění očekávaných výstupů Dalšího cizího jazyka pro 2. stupeň ZŠ z RVP ZV). Žák pak bude v pololetí hodnocen za dosažení takto upravených cílů. Další možností je úprava školního vzdělávacího programu a rozšíření nabídky volitelných předmětů, neboť volitelné předměty můžete nabízet žákům napříč ročníky (což by ve vašem případě možná řešilo problém s přestupem žáků z různých ročníků).
Pokud škola jako volitelný předmět nabízí pouze výuku cizích jazyků, měla by mít předem připravenou strategii, jak bude postupovat v případě nově přijatých žáků (tedy žáků, kteří změní školu v důsledku zrušení školy, stěhování apod.). Z tohoto důvodu je vhodné zařadit do vzdělávací nabídky i takové volitelné předměty, do kterých se žáci mohou začlenit bez větších problémů (např. předměty obsahově rozvíjející vzdělávací oblasti Člověk a svět práce, Člověk a zdraví, Umění a kultura).