Organizační uspořádání a struktura metodických orgánů na základní škole není upravena žádným právním předpisem. Je plně v kompetenci ředitele školy, aby v této věci rozhodl. Obvyklá organizace, kdy učitelé na 1. stupni rozvíjejí své metodické znalosti a dovednosti pod vedením zkušeného kolegy (v metodickém sdružení, vedoucí ročníků) vychází z tradice a efektivity tohoto modelu. Záleží i na velikosti školy a na počtu učitelů. Na malých školách je zřejmě zbytečné vytvářet přímo sdružení a učitelé mohou diskutovat o různých problémech vzdělávání bez tohoto organizačního členění. Na větších školách, kde je víc učitelů jednoho předmětu (spadá do jedné vzdělávací oblasti), může být vytváření nějaké metodické struktury přínosem.
Pokud se jako efektivnější jeví na konkrétní škole jiný model (jiná varianta modelu), je v kompetenci ředitele školy ustanovit metodické orgány jinak, nebo je neustavovat.
Při činnosti metodických orgánů školy je důležité vzít v úvahu fakt, že je to jedna z možností, jak zajistit výměnu zkušeností nejen uvnitř vyučovacích předmětů nebo jednotlivých ročníků, ale i napříč předměty a ročníky. Umožňuje to získávat nadhled a vnímat širší souvislosti vzdělávání na škole v perspektivě přesahující danou třídu a školní rok. Doporučujeme tedy při úvahách o různých možnostech organizace metodických orgánů školy promyslet i to, zda nová organizace jejich činnosti zajistí dostatečné příležitosti k vzájemné výměně zkušeností a názorů mezi pedagogy celé školy.